El Departamento de Geografía comparte con el programa de doctorado en Patrimonio Cultural y Natural. Historia, Arte y Territorio tres Grupos de Investigación Reconocidos, GIR CITERIOR (Ciudad y Ordenación del territorio), GIR PANGEA (Patrimonio Natural y Geografía Aplicada) y GIR Mundo Rural. De este modo, catorce profesores del departamento forman parte del programa de doctorado, impartiendo y organizando actividades formativas de posgrado en relación con la geografía, el patrimonio territorial y el natural. Asimismo el departamento y el programa comparten investigadores contratados predoctorales que desarrollan su labor investigadora en el departamento de Geografía y los Grupos de Investigación contribuyendo al desarrollo de nuestra disciplina desde el departamento, los GIR y el Programa de Doctorado. Durante los últimos cursos el departamento ha colaborado con el Programa de doctorado en la organización de jornadas y cursos de campo sobre Patrimonio natural y territorial.
La formación doctoral, dirigida por la Escuela de Doctorado de la Uva con la participación de los GIR del departamento de Geografía, completa el itinerario formativo universitario en Geografía, que iniciado con los estudios de grado, pueden culminar con la obtención del título de doctor, máximo nivel académico de la universidad española.